1995（平成7）年
1995（平成7）年	7月	財団	財団法人日本医療機能評価機構が設立されました（東京都中央区日本橋浜町）
		財団	館龍一郎が初代理事長に就任しました
1997（平成9）年
1997（平成9）年	4月	評価	病院機能評価事業　評価項目Ver.2.0による訪問審査を開始しました
	7月	評価	認定証の発行を開始しました
	9月	評価	精神病院種別による訪問審査を開始しました
	10月	財団	ホームページを開設しました
1998（平成10）年
1998（平成10）年	9月	評価	長期療養病院種別による訪問審査を開始しました
1999（平成11）年
1999（平成11）年	7月	評価	評価項目Ver.3.1による訪問審査を開始しました
2001（平成13）年
2001（平成13）年	10月	評価	病院機能評価事業「認定シンボルマーク」を制定しました
	11月	PSP	認定病院患者安全推進協議会が発足しました
2002（平成14）年
2002（平成14）年	4月	EBM	医療情報事業 (現・EBM医療情報事業) を開始しました
	7月	評価	評価項目Ver.4.0による訪問審査および認定更新審査を開始しました
2003（平成15）年
2003（平成15）年	1月	財団	千代田区神田駿河台に移転しました
	4月	PSP	認定病院患者安全推進事業を開始しました
		–	医療安全支援センター総合支援事業を開始しました (-2007年3月)
	6月	財団	工藤敦夫が理事長に就任しました
	10月	評価	付加機能評価 (救急医療機能・緩和ケア機能・リハビリテーション機能) の訪問審査を開始しました
2004（平成16）年
2004（平成16）年	4月	財団	坪井栄孝が理事長に就任しました
	10月	事故防止	医療事故情報収集等事業を開始しました
2005（平成17）年
2005（平成17）年	7月	評価	評価項目Ver.5.0による訪問審査を開始しました
2006（平成18）年
2006（平成18）年	12月	事故防止	医療安全情報　提供を開始しました
2007（平成19）年
2007（平成19）年	2月	産科	産科医療補償制度運営組織準備委員会を設置しました
		産科	産科医療補償制度運営組織準備室を設置しました
2008（平成20）年
2008（平成20）年	1月	財団	千代田区三崎町に移転しました
	10月	薬局	薬局ヒヤリ・ハット事例収集・分析事業を開始しました
2009（平成21）年
2009（平成21）年	1月	産科	産科医療補償制度を開始しました
	4月	財団	井原哲夫が理事長に就任しました
	7月	評価	評価項目Ver.6.0による訪問審査を開始しました
2010（平成22）年
2010（平成22）年	10月	評価	付加機能評価 (救急医療機能・緩和ケア機能）Ver.2.0による訪問審査を開始しました
2011（平成23）年
2011（平成23）年	4月	財団	公益財団法人に移行しました
	7月	評価	付加機能評価 (リハビリテーション機能(回復期))Ver.2.0による訪問審査を開始しました
2013（平成25）年
2013（平成25）年	4月	評価	機能種別版評価項目3rdG:Ver.1.0による訪問審査を開始しました
		評価	付加機能評価 (リハビリテーション機能(回復期))Ver.3.0による訪問審査を開始しました
2015（平成27）年
2015（平成27）年	4月	評価	機能種別版評価項目3rdG:Ver.1.1による訪問審査を開始しました
2016（平成28）年
2016（平成28）年	6月	財団	河北博文が理事長に就任しました
2018（平成30）年
2018（平成30）年	4月	評価	機能種別版評価項目3rdG:Ver.2.0による訪問審査を開始しました